Bioinformatics Engineer

Inovarion, créé en 2013, est un centre de Recherche et d’Innovation en Sciences du Vivant, collaborant avec les principaux centres de recherche publics et privés. En 13 ans, Inovarion est devenu un acteur clé de cet écosystème, à travers les prestations réalisées et sa contribution à faire progresser les connaissances scientifiques dans de nombreux domaines de la biologie.

Votre mission principale sera de mener à bien des projets de recherche en participant à leur conception, conduite et réalisation. Vous aurez à définir, mettre en place et exécuter l'ensemble des techniques nécessaires à la réalisation expérimentale des projets de recherche qui vous seront confiés. Vous aurez aussi à traiter, analyser, interpréter les données et valider les résultats. En rejoignant Inovarion, vous participerez à la diffusion et la valorisation des résultats des programmes de recherche réalisés.

Dans ce contexte, nous recherchons un profil de bioinformaticien, titulaire d'un diplôme d'ingénieur, ou d'un Master en sciences des données appliquées à la biologie, bioinformatique, biologie computationnelle ou d'une formation équivalente, et détenant tout ou partie des compétences et expertises suivantes :

• Connaissances / expérience en biologie moléculaire/cellulaire et dans des domaines tels que l'immunologie et l'oncologie ;

• Polyvalence dans les approches techniques maîtrisées ;

• Maîtrise des outils et langages de programmation tels que Python, R, Bash/Shell, et idéalement d'autres comme Java ou C++, avec une bonne pratique en gestion de version (Git) ;

• Polyvalence multimodale (multi-omics) : Capacité à intégrer plusieurs niveaux de données (génomique, transcriptomique, épigénétique, protéomique, métabolomique) ;

• Traitement de données génomiques et transcriptomiques : RNA-seq, single-cell RNA-seq (scRNA-seq), ChIP-seq, ATAC-seq, . Méthodes de séquençage (long read, short read) ;

• Transcriptomique spatiale : Visium (10X Genomics), Slide-seq, MERFISH, seqFISH, STARMAP. Traitement des données spatiales, analyse différentielle spatialisée, intégration avec d’autres omiques ;

• Analyse de données protéomiques et métabolomiques : Spectrométrie de masse, analyse quantitative (label-free, marquage isotopique) ;

• Compétences en statistiques et modélisation pour l'intégration des données, méthodes d’apprentissage automatique appliquées aux données biologiques (classification, clustering, modèles prédictifs) ;

• Visualisation interactive (Shiny, Dash, Streamlit) ;

• Bioinformatique structurale (optionnelle mais pertinente) en modélisation moléculaire, docking, simulations moléculaires (MD) ;

• Compétences avancées en gestion de bases de données et gestion de flux de données : Création, interrogation et gestion de bases de données relationnelles ou NoSQL ;

• Connaissance de pipeline/workflow managers (Snakemake, Nextflow, CWL).

Les compétences suivantes sont également attendues :

• Autonomie et force de proposition scientifique ;

• Capacité à communiquer efficacement avec des interlocuteurs de différents domaines (biologistes expérimentaux, cliniciens, statisticiens) ;

• Intérêt pour la veille scientifique et technologique continue.

Si vous vous reconnaissez dans cette offre et que vous souhaitez échanger avec nous, n’hésitez pas à postuler !